Można to zrobić za pomocą funkcji zamieniającej konkretny znak na inny. Konwersja WIN-1250 => ISO8859-2 wygląda tak:

<?php
$string = strtr($string, "\xA5\x8C\x8F\xB9\x9C\x9F",
   "\xA1\xA6\xAC\xB1\xB6\xBC");
?>

A ISO8859-2 => WIN-1250 tak:

<?php
$string = strtr($string, "\xA1\xA6\xAC\xB1\xB6\xBC",
   "\xA5\x8C\x8F\xB9\x9C\x9F");
?>